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El origen del Síndrome de Apnea/Hipopnea Obstructiva del Sueño es un colapso de la vía aérea superior durante el periodo de sueño, de forma que se produce un desequilibrio entre presiones. Por un lado existe una presión inspiratoria que hace que el aire entre a través de la vía aérea, por otro lado hay una presión de apertura de las vías aéreas, variable en cada tramo de la misma y una presión de cierre o de colapso de la vía aérea, de forma que la presión de colapso supera a la presión de apertura y a la presión inspiratoria.

Este hecho es mas llamativo en la edad infantil, donde la apnea del sueño tiene unas características especiales en la infancia, pues la anatomía y la capacidad de reacción del niño son diferentes al adulto. Además la causas también cambian.

En el sueño, respecto a la vigilia se produce una reducción del tono muscular, sobre todo en ciertas fases del sueño, lo que hace que la musculatura del cuello y de la faringe, así como la musculatura respiratoria se relajan. Cuando existe un calibre de la vía aérea adecuado, ello no tiene repercusión patológica, pero cuando a esta relajación muscular se la añaden ciertas circunstancias pueden hacer que la vía aérea sufra una obstrucción que puede condicionar una parada respiratoria.

Las circunstancias que condicionan esta obstrucción durante el sueño, que no se produce durante la vigilia, son aquellas que causan un estrechamiento o estenosis de la vía áerea. La mas común es la presencia de aumento de tamaño de las amígdalas o de las vegetaciones (adenoides), que con el niño despierto sentado se observan como de mayor tamaño pero al estar dormido en decúbito (tumbado) acaban obstruyendo el paso del aire, sobre todo cuando los músculos pierden el tono y se relajan. Ello acaba causando la apnea.

No es la única circunstancia pues existen otras condiciones patológicas que puden incrementar la incidencia de apnea durante el sueño en la población infantil, como son deformidades dentofaciales, con mandibula corta (retrognatia) o dismorfias de paladar o aumento de tamaño de la lengua (macroglosia), hecho que en menor grado se produce en algunos niños y en mayor grado en ciertos síndromes como el Dawn, que asocia distonía muscular, o parálisis cerebral, así como excesos de peso, en ciertas obesidades.